Par Odette ATEYIHO
Les données collectées entre 2018 et 2024 sur 31 stations de mesure permettent de quantifier, pour la première fois, l'ensemble des flux sédimentaires de la lagune. « Chaque année, environ 250 000 tonnes de sédiments y entrent. 190 000 tonnes apportées par l'Ouémé via le bras des Aguégués, 60 000 tonnes par la rivière Sô. L'export par le chenal de Cotonou est estimé à 210 000 tonnes par an, laissant un dépôt net de 40 000 tonnes annuellement », dévoile Dr Laeticia Ntangyong dont les travaux ont été menés à l’Université d'Abomey Calavi, au Laboratoire d’Études en Géophysique et Océanographie Spatiales (LEGOS, Toulouse, France), ainsi qu’à EDYTEM (Chambery, France).
En présentant ces chiffres le 11 mars 2026 lors de sa soutenance de thèse de doctorat en océanographie à la Chaire internationale en physique mathématique et applications (CIPMA-Chaire UNESCO), Dr Ntangyong est préoccupée. La lagune présente une forte saisonnalité des flux sédimentaires, à la fois à l'échelle saisonnière et interannuelle. Ces variations ne sont pas homogènes : les taux de sédimentation vont de 0,1 cm par an à l'est à 1,5 cm par an à l'ouest, en fonction des conditions hydrodynamiques locales et des activités anthropiques.
En étiage, de janvier à mai, les concentrations en matière en suspension restent faibles, inférieures à 20 mg/litre. Dès juin, un panache sédimentaire se forme depuis l'Ouémé ; entre juillet et septembre, les concentrations atteignent 50 à 200 mg/litre. Elles déclinent ensuite progressivement pour revenir aux valeurs minimales en fin d'année. « Le pic de matière en suspension est obtenu en phase de début de crue, lorsque les sédiments déposés pendant l'étiage précédent sont lessivés massivement et apportés dans la lagune », explique Dr Ntangyong.
Un écosystème fragile
Une lagune côtière est un plan d'eau peu profond, en connexion à la fois avec des fleuves et avec l'océan. « Des fleuves, elle reçoit de grandes quantités d'eau et de matières lessivées via les bassins versants par les pluies et drainées par les débits des rivières. Elle communique avec l'océan via une ou plusieurs ouvertures appelées chenaux, par lesquels s'effectuent des échanges d'eau salée et de particules », précise la chercheuse.
Avec ses 150 km², la lagune Nokoué est l'une des plus grandes d'Afrique de l'Ouest. Plus de 15 000 tonnes de poissons y sont pêchées chaque année par quelque 12 000 pêcheurs, faisant de ce plan d'eau un pilier de la sécurité alimentaire régionale. C'est également une zone humide d'importance internationale, directement concernée par les Objectifs de développement durable des Nations Unies, notamment l'ODD 14 sur la vie aquatique et l'ODD 13 sur l'action climatique.
Pourtant, les signaux d'alarme s'accumulent depuis des décennies. « La comparaison de cartes bathymétriques de 1978 et 2015 révélait déjà un risque de comblement. En 37 ans, on a pu observer une diminution importante d'environ 80 cm de profondeur moyenne », rappelle Dr Ntangyong.
Face à cette menace, le gouvernement béninois a décidé il y a quelques années d'intervenir, à travers des projets envisagés visant à lutter contre la sédimentation, à réduire la pollution et les espèces végétales envahissantes, à supprimer les activités de pêche illégales, à améliorer le transport fluvial, à renforcer les valeurs écologiques et à promouvoir l'écotourisme.
Des facteurs aggravants identifiés
Les taux de sédimentation ne sont pas homogènes. Ils varient de 0,1 cm par an à l'est, où les courants forts limitent les dépôts, à 1,5 cm par an à l'ouest, où les courants plus faibles favorisent l'accumulation. L'étude met en évidence des facteurs humains qui amplifient ce comblement dans la partie ouest de la lagune.
La prolifération des acadjas enclos de branchages utilisés pour l'aquaculture traditionnelle, agit comme des barrières sédimentaires. La production biologique à l'intérieur de ces structures est estimée à environ 250 000 tonnes de fèces de poisson par an, une source sédimentaire jusqu'ici ignorée dans les bilans scientifiques.
« Nous avons réalisé que les flux de dépôt du côté ouest dépendent non seulement des apports de la rivière Sô, mais aussi des fèces de poisson produits à l'intérieur des acadjas. À cela s'ajoute la décomposition de la jacinthe d'eau, dont la contribution reste toutefois faible, de l'ordre de 0,2 % des apports totaux. C'est la somme de tous ces facteurs qui explique l'accumulation observée à l'ouest de la lagune », détaille Dr Ntangyong.
Des outils pour anticiper et décide
Sans intervention, la lagune Nokoué continuera de se combler, compromettant sa fonction écologique, sa productivité halieutique et la sécurité des communautés riveraines, dans un contexte où le changement climatique viendra amplifier les extrêmes hydrologiques.
Pour les directeurs de thèse, cette recherche dépasse le cadre académique. « La décision du gouvernement béninois d'investir dans l'assainissement de la lagune Nokoué est une bonne nouvelle. Cette thèse apporte une contribution scientifique pour orienter ces investissements là où ils auront le plus d'impact : identifier les zones critiques, comprendre les sources de sédimentation, prioriser les interventions. La recherche et l'action publique doivent avancer ensemble », souligne le Pr. Ezinvi Baloitcha, directeur de thèse à l'Université d'Abomey-Calavi.
Son co-directeur, Yves Morel, chercheur au LEGOS à Toulouse, va plus loin : « Les perspectives ouvertes par cette thèse sont directement utiles aux projets en cours. La modélisation sédimentaire que nous proposons permettrait de simuler l'impact des interventions avant même leur mise en œuvre. C'est un outil d'aide à la décision que les gestionnaires de la lagune devraient s'approprier sans tarder. »
En complément de la quantification des flux, l'étude ouvre trois perspectives opérationnelles. Un suivi à haute fréquence des matières en suspension permettrait de capturer des processus non détectables à l'échelle mensuelle. L'imagerie satellitaire Sentinel, déjà testée dans ce travail en collaboration avec des chercheurs de l'IRD, offre une perspective de reconstitution historique des concentrations sédimentaires depuis les années 2000.
Enfin, l'intégration d'un module sédimentaire dans le modèle hydrodynamique développé par d'autres chercheurs de la CIPMA-Chaire UNESCO et de l'IRD permettrait de simuler des scénarios d'aménagement et d'évaluer l'impact du changement climatique sur la lagune à long terme.